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Das Ende der Welt ist für das Jahr 1999 vorhergesagt. Kamui Shiro ist nach sechs Jahren Abwesenheit nach Tokyo zurückgekehrt. Er ahnt nichts davon, dass das Schicksal der Welt auf seinen Schultern lastet. Tokiko Magami, die Schulärztin, offenbart sich als die Schwester seiner verstorbenen Mutter. Durch sie erfährt er das erste Mal von den mysteriösen Umständen, die seiner Geburt vorausgingen.